Am Anfang der dritten Staffel steht Special Agent Sydney Bristow ohne Erinnerungen an zwei Jahre ihres Lebens da. Die Season setzt 24 Monate nach dem Finale der 2. Staffel ein, bei dem Sydney verschwand und von ihren Freunden für tot gehalten wurde. Sydney findet sich in einem Netz voller neuer dunkler Machenschaften wieder, und wenn die Spannung am Ende der Staffel ihren Höhepunkt erreicht, ist in Sydneys Leben nichts mehr so wie vorher.