Sie sind das nächste Glied in der Evolutionskette. Die X-MEN, geboren mit einer einzigartigen genetischen Mutation, die ihnen außerordentliche Superkräfte verleiht. Die Augen von Cyclops können einen Energiestrahl aussenden, Jean Grey besitzt Fähigkeiten in Telepathie und Storm kann das Wetter manipulieren.
In einer mit Hass und Vorurteilen erfüllten Welt sind sie Ausgestoßene. Doch unter der Führung von Professor Charles Xavier (Patrick Stewart) haben sie gelernt ihre Fähigkeiten zum Wohl der Menschheit einzusetzen. Gemeinsam kämpfen sie darum, eine Welt zu beschützen, die sie fürchtet. Sie stellen sich der gefährlichsten Bedrohung der menschlichen Zivilisation: Magneto (Ian McKellen), ein skrupelloser Mutant, der die Zukunft in seine Gewalt bringen will – auch wenn es das Ende bedeutet... der Menschheit... oder der Mutanten.
Sie sind das nächste Glied in der Evolutionskette. Jeder von ihnen kam mit einer einzigartigen genetischen Mutation auf die Welt: mit einer außergewöhnlichen Fähigkeit, die sich erstmals in der Jugend zeigt. In einer zunehmend von Vorurteilen und Hass beherrschten Welt versteht man sie jedoch nur als wissenschaftliche Kuriositäten, als Launen der Natur, als Ausgestoßene – gefürchtet und verachtet, weil Andersartigkeit nicht akzeptiert wird. Trotz der weit verbreiteten Ignoranz der Gesellschaft schaffen es die X-Men und mit ihnen weltweit Tausende anderer Mutanten zu überleben.
Unter den Fittichen des mächtigsten Telepathen der Welt, Professor Charles Xavier, lernen diese ungewöhnlich „begabten“ Schüler, ihre Kräfte zu kontrollieren und sie zum Vorteil der Menschheit einzusetzen. Sie kämpfen für den Schutz einer Welt, die sie fürchtet.
Ein „Heilmittel“ gegen Mutationen droht den Lauf der Geschichte für immer zu verändern. Zum ersten Mal haben Mutanten nun die Wahl: Entweder sie entscheiden sich dafür, ihre Einzigartigkeit zu bewahren und so ein isoliertes und von der Welt entfremdetes Leben zu führen, oder sie geben ihre Kräfte auf, um von der Gesellschaft akzeptiert zu werden. Die unterschiedlichen Standpunkte der Mutantenanführer Charles Xavier, der an das Gute im Individuum glaubt, und Eric Lehnsherr (Magneto), der ganz im Sinne Darwins davon überzeugt ist, dass sich die stärkere Rasse durchsetzen wird, werden auf eine ultimative Probe gestellt. Der Krieg der Kriege, der alle Kämpfe beenden soll, steht kurz bevor...