Nach Schließung der X-Akten arbeiten Mulder und Scully getrennt. Mulder muss sich dabei mit normalen Fällen auseinandersetzen, während Scully als Dozentin arbeitet. Neuer Partner an Mulder's Seite ist Alex Krycek. Doch schon bald treffen Scully und Mulder wieder aufeinander.
Krycek behauptet bei einem Fall, dass Scully von Aliens entführt wurde. Deshalb werden die X-Akten wieder geöffnet. Außerdem geht Mulder einer Spur nach, die ihn vielleicht zu seiner verschwundenen Schwester Samantha führt..