Dramatisch geht es in der 6. Staffel weiter: Clark, gefangen in der geheimnisvollen Phantomzone, kann nur in letzter Sekunde die Zerstörung der Erde verhindern – und ungewollt wächst seine Zuneigung zu Lois Lane (Erica Durance). Doch Clark bekommt ernsthafte Konkurrenz. Der attraktive Oliver Queen (Justin Hartley) lässt sich in Smallville nieder und verliebt sich in Lois. Keiner ahnt, dass sein Alter Ego der Superheld „Green Arrow“ ist, der eine etwas andere Vorstellung von Moral besitzt als Clark. Als Lana sich schließlich von Clark abwendet und eine ernsthafte Beziehung mit seinem größten Widersacher Lex eingeht, ahnt sie nicht, in welch bösem Spiel sie gefangen ist! Für alle in Smallville könnte es den endgültigen Untergang bedeuten …