Auf ihrer unerbittlichen Suche nach der Wahrheit müssen Fox Mulder und Dana Scully erkennen, dass sie auch privat in einige der mysteriösen Fälle verwickelt sind. Mulder begegnet seiner verschollenen Schwester Samantha in Gestalt von Klonen auf einer Farm wieder. Sie wurde damals, wie er glaubt, von Außerirdischen entführt. Der FBI-Agent wird zu einer schweren Entscheidung gezwungen.
Seine Partnerin Scully muss eine schockierende Diagnose verkraften: Sie leidet an einem inoperablen Gehirntumor. Geht dieser auf die Entführung durch Außerirdische zurück? In der vierten Staffel gibt es außerdem ein Wiedersehen mit alten Bekannten, wie dem geheimnisvollen „Raucher“ und Alex Krycek, deren Vorhaben zunächst undurchschaubar bleiben. Und Walter S. Skinner, der Vorgesetzte der beiden Agenten, gerät selbst ins Fadenkreuz von Mulders Ermittlungen.