Um das Grundstück seiner Großmutter (Mia Farrow) vor einem fiesen Immobilienhai zu retten, muss der junge Arthur (Freddie Highmore) den geheimen Schatz seines vor Jahren verschwundenen Großvaters finden. Der Schatz liegt irgendwo tief unter dem Garten, in einer anderen Welt. Durch einen Zauber schrumpft Arthur auf 2 Millimeter und gelangt so in das geheimnisvolle Land der Minimoys. Dort trifft er auf die wunderschöne und ebenso tapfere Minimoy-Prinzessin Selenia und ihren kleinen Bruder. Die beiden wollen Arthur bei seiner Suche helfen. Doch zuerst müssen sich die drei dem unheimlichen Tyrannen Maltazard und seinen finsteren Gesellen stellen. Das Abenteuer beginnt ...
Die Sommerferien neigen sich schon wieder dem Ende zu, doch Arthur (Freddie Highmore) steht das größte Abenteuer noch bevor. Der zehnte Vollmond naht, und das bedeutet für den jungen Helden, dass er endlich zurückkehren kann in das fantastische Königreich der Minimoys, wo neben all seinen kleinen Freunden natürlich auch die wunderschöne Prinzessin Selenia auf ihn wartet und ein Willkommensfest vorbereitet.
Da erreicht Arthur ein eiliger Hilferuf, geschrieben auf einem Reiskorn. Kein Zweifel – der muss von den Minimoys kommen! Arthur überlegt nicht lange und begibt sich auf eine gefährliche Reise. Kopfüber landet er in Max` Bar und muss sich gleich mit den Truppen von Kröb, dem neuen Tyrannen der Sieben Königreiche, anlegen, um seinen Freund Beta zu befreien. Als die beiden schließlich im Dorf der Minimoys ankommen, ist Selenia verschwunden. Dahinter kann nur einer stecken: der böse M, der zurückgekehrt ist und einen finsteren Plan schmiedet...
Maltazard, der böse M., - jetzt sagenhafte zwei Meter groß - hat sich mit einem schrecklichen Plan unter die Menschen gemischt: er will mit seiner grausamen Armee riesiger Monster die Macht über das ganze Universum erlangen.
Nur einer kann ihn aufhalten: Arthur! Doch Arthur lebt als Minimoy in deren Königreich tief unter dem Garten seiner Großeltern. Er muss die Welt der Minimoys verlassen und sich auf die gefährliche Reise ins Haus seiner Großeltern begeben, um das Elixir zu finden, das ihn wieder zum Menschen macht. Natürlich begleiten ihn seine besten Freunde: die schöne Minimoy-Prinzessin Selena und ihr kleiner Bruder Beta. Zu Fuß, mit dem Rad, dem Auto und auf dem Motorrad begeben sich die drei Minimoys auf ihre aufregende Reise durch die Welt der Menschen. Sie nutzen jedes Mittel und brauchen jede Hilfe, um den bösen M. endlich und für immer zu besiegen!