Mit Basis in den Three Mills Studios im East End von London begannen die zehnwöchigen Dreharbeiten zu 28 WEEKS LATER im August 2006. Eine Woche lang wurde geprobt, dann drehte Fresnadillo neun weitere Wochen, zumeist in London; in der City, in East London, in Canary Wharf und - siebe Tage lang - in Hertfordshire. Der District One liegt laut Skript auf der Isle of Dogs und so mussten die Filmemacher Drehgenehmigungen von der Canary-Wharf-Verwaltung einholen, um dort filmen zu dürfen. Macdonald führt aus: „Als Drehort ist das Canary-Wharf-Gebiet ideal. Es ist von Wasser umgeben und kann wie eine Festung abgeriegelt werden. Leute können mit dem Flugzeug einfliegen, dann den DLR nehmen, eine Hochschienenbahn, die den Airport direkt mit Canary Wharf verbindet und sie können dann in den diversen Hochhausblocks wohnen.“ Diese neue Gegend steht im harten Kontrast zum alten, entvölkerten London. Dies sieht der Zuschauer wenn Doyle, Scarlet, Tammy und Andy aus District One fliehen. Sie laufen durch die menschenleere Metropole, sind an der Tower Bridge, am Trafalgar Square, in der Shaftsbury Avenue, dem Regent Park, der Millennium Bridge und in Wembley zu sehen. Diese Szenen wurden ganz früh am Morgen gedreht und waren nur durch die freundliche Kooperation mit den lokalen Behörden sowie der Polizei möglich - schließlich musste immer wieder der Verkehr komplett angehalten werden.
Fresnadillo über die Herausforderungen, diesen Film zu machen, und wie er es schaffte, den gewünschten Look zu kreieren: „Die größte Herausforderung bestand darin, alles so authentisch wie nur möglich scheinen zu lassen. Dazu versetzte ich mich in die Lage meiner Zuschauer, und überlegte, was ich an ihrer Stelle auf der Leinwand würde sehen wollen. Es ging also um den richtigen Geruch, das richtige Feeling. Man müsste das Gefühl haben, dass einem so etwas wirklich passieren könnte. Deswegen habe ich 28 WEEKS LATER als eine Art Horror-Dokumentation angelegt, alles sollte so echt, so real, so nah dran wie möglich erscheinen. Das auf Film zu bannen, war nicht einfach. Wir brauchten viele Kameras, viele Szenen mussten dabei aus der Hand gedreht werden. Darüber hinaus sollten die Darsteller glaubwürdig rüber kommen und auch bezüglich Design und Look sollte alles stimmen. Es galt also, ein eigentlich unmögliches, unglaubliches Szenario möglichst realistisch zu vermitteln.“
„Eigentlich hatten wir hier immer wieder das Gefühl, einen Independent-Film zu drehen“, sagt Jeremy Renner. „Normalerweise hat man beim Film einen Drehplan und Shot-Listen, die konsequent abgearbeitet werden. Nicht so wenn man mit Fresnadillo und López-Lavigne arbeitet. Sie sind ungeheuer kreativ, um nicht zu sagen impulsiv. Wenn sie glauben, eine bessere Idee zu haben, drehen sie beispielsweise die Kamera einfach um und schießen dir direkt ins Gesicht. Aus der Hand notfalls. Das gibt einem das Gefühl, mitten in der Action zu sein und kommt dann auf der Leinwand sehr authentisch rüber.“