Die gleichzeitigen Sprachaufnahmen und der massive Einsatz des HP Halo Systems waren nicht die einzigen Neuerungen, die bei „Bee Movie – Das Honigkomplott“ zur Anwendung kamen. Dass Seinfeld bislang noch keine Erfahrungen mit Animation hatte, brachte ganz neue Perspektiven in das Projekt. Weil ihm die traditionellen Storyboards nicht genügend Details boten, setzte das Team auf neue Wege. Hickner erläutert die Methode so: „Wir haben Cintiqs verwendet, digitale Notizbücher, mit dem wir sofort im Computer zeichnen und die Dinge schnell verändern konnten. Dieser Weg war notwendig, weil unsere Storyboards viel stärker animiert waren als noch vor einigen Jahren möglich. Wir konnten mehr Farben verwenden, alles war viel weiter entwickelt. Das half nicht nur Jerry, sondern uns allen bei der Visualisierung.“
Chefautor Dave Pimentel erklärt dazu: „Jeder Moment wurde von Jerry überprüft. Er schaute sich die Cintiqs an und machte seine Vorschläge: Andere Kamerawinkel und bessere Ideen, die man auf dem herkömmlichen Wege nicht gefunden hätte. Mit jeder Verbesserung wuchs sein Selbstbewusstsein und er hat immer mehr probiert. Es war ein faszinierender Prozess, zumal wenn man bedenkt, dass die Animation völlig neu für ihn ist.“
Smith fügt hinzu: „Mit den Cintiqs bekommt man viel schnellere und klarere Bilder. Das war eine gute Grundlage für die Arbeit, wenn wir einmal keine reale Animation zur Verfügung hatten. Im Unterschied zu Zeichenpapier sind die Bilder hier sehr sauber und man kann gut damit arbeiten: Man kann die Hintergründe oder die Position der Figuren schnell verändern. Mit dieser digitalen Methode geht alles viel schneller als früher, wo man neu gezeichnet oder neu aufgenommen hat.“
Wenngleich „Bee Movie – Das Honigkomplott” eindeutig eine Reise in eine fantastische Welt darstellt, gibt es reale Parallelen zwischen Bienen und großen Städten. Deshalb sahen sich die Filmemacher vor der Gestaltung ihrer Fantasiewelt in der Wirklichkeit um.
Etliche Ausflüge in den Central Park brachten zahlreiche Ideen, wie etwa jener kleine Schildkröten-Teich, wo Vanessa ihren Zehenring verliert. Oder die Platzierung des Bienenstocks auf einer Schafwiese. Einige Mitarbeiter besuchten Imkereien, um sich aus erster Hand über die Geheimnisse der Bienen und der Honigproduktion zu informieren (was auch für jene Sequenz hilfreich war, in der sich Barry heimlich in eine Imkerei einschleicht). Einer der führenden Bienenexperten des Landes besuchte die Produktion und erklärte dem Team den Bienentanz, mit dem sich die Insekten über die Wege zu den besten Nektarplätze verständigen.
Seinfeld selbst besuchte einen Bienenzüchter, einen etwas eigenwilligen Typen, der auf die übliche Schutzkleidung mit Hut und Maske verzichtete. Alles verlief harmonisch, bis der Imker dem interessierten Filmemacher die Königin zeigen wollte. Wütende Bienen machten Jagd auf Seinfeld und stachen ihm ihn die Nase.
Seinfeld erinnert sich: „Nach dem Stich sagte der Typ zu mir: ‚Vielleicht ist es für Sie ein Trost, dass die Biene ihren Stich mit dem Tod bezahlt hat’. Großartig. Damit habe ich mich gleich sehr viel besser gefühlt.”
Praktikanten der Produktion besorgten Hunderte von Fotos von echten Stürmen, die als Vorlage für die Filmstürme dienten. Die Ausstatter unternahmen zudem zahlreiche Informationsreisen zu Imkern, zu Gärten wie den Pasadena’s Huntington Gardens und nach New York.