Die Hauptschwierigkeit beim Dreh der Realszenen war die Interaktion mit den 3D-Sequenzen. Die VFX wurden von BUF Cie beaufsichtigt. Die Teleskop-Szene etwa, in der Arthur schrumpft und ins Land der Minimoys stolpert, wurde in sechs unterschiedlichen Phasen gedreht, angefangen mit Aufnahmen in drei verschiedenen Abschnitten eines riesigen Teleskops: der Schacht, den Freddie Highmore hinunter rutscht; die Linse im Teleskop, auf der er landet; und das Ende des Teleskops, in das er hinein klettert. Dann kam die Fahrt im Garten vor dem Hintergrund des Vollmonds (einer starken Lichtquelle, die an einem Kran hing), das mit der gleichen Geschwindigkeit noch einmal vor dem Green Screen nachgestellt wurde, während Freddie sich an einem Trapez festhielt, damit das Team der Effektspezialisten die beiden Aufnahmen später zusammenfügen konnte.