Zur Vorbereitung der Dreharbeiten ist das Team um Wong Kar-Wai dreimal quer durch die USA gereist. Darius Khondji, der Kameramann (erstmals bei einem Wong Kar-Wai Film dabei), hat gemeinsam mit William Chang Suk Ping (dem längsten und engsten Mitarbeiter des Regisseurs) eine Recherche auf den Spuren der Fotografen Robert Frank und William Eggleston unternommen. Ely, das Wüstennest in Nevada indes hat Wong Kar-Wai selber ‚entdeckt’. Es bot ihm den optimalen Hintergrund für den traurigsten Teil der Geschichte von MY BLUEBERRY NIGHTS: wenn Elizabeth die von Natalie Portman dargestellte Poker-Spielerin Leslie trifft.
Zurück in New York: Die meiste Zeit während der Dreharbeiten läuft irgendwo Musik, viel von Norah Jones, immer wieder auch Stücke von Cat Power (vor allem „The Greatest“) oder von Otis Redding – alles Stücke, die später auch im Soundtrack des fertigen Films zu hören sein werden. „Es hilft, um die emotionale Grundierung an alle Mitarbeiter zu übertragen“, grinst William Chang. Er ist gerade dabei, die kleine Welt, die Elizabeths Schlaf umgibt mit kleinen Justierungen noch stimmiger als stimmig zu machen: die Vase mehr an den rechten Bildrand, die Kuchenplatte dorthin… nein… ja, aber etwas höher. Dann legt er noch letzte Hand an Norah Jones’ verwuschelte Frisur unter der Mütze… ja er weiß schon, dass das nicht sein Job ist… Vieles in diesem Film läuft auf amerikanische Art, immer wieder bricht aber auch Wongs Hongkong-Style durch.
Im September 2006 sind die Dreharbeiten beendet. Wong Kar-Wai ist mit dem Material nach Hongkong zurück gefahren, um sich mit William Chang der Post-Production zu widmen. Viele im Team, auch die Hauptdarsteller, sind sich unsicher, da sie glauben, das Ende sei doch noch gar nicht gedreht worden. Soll der Ausgang der Geschichte etwa offen bleiben, oder steht da noch ein Nachdreh an, wie es bei früheren Wong Kar-Wai Projekten häufig der Fall war? Einzig Wong Kar-Wai selbst und William Chang sind entspannt angesichts der fehlenden Schlusssequenz: „Vielleicht gibt es ja einen zweiten Kuss…“ lässt Wong mit rätselhafter Miene verlauten. Später wird vermutet, dass sie alles genau wussten.
Noch später wird Wong Kar-Wai in einem Interview erklären: „Wir müssen dem unabänderlichen Gesetz des Wesens einer Geschichte folgen, das sich erst in dem Maß offenbart, in dem der Gegenstand zu leben beginnt. Ein Drehbuch ist für mich nur ein Werkzeug, das man verändert je näher man dem Ziel kommt, das sich seinerseits nicht ändern darf. Ich würde sagen, dass ich eigentlich einen einzigen langen Film mache. Und jeder einzelne Film ist wie eine Szene dieses langen Films. Allerdings weiß ich nicht, wie dieser Film eigentlich enden wird, auch nicht wie lang er werden wird. Vielleicht, wenn ich mal aufhöre Filme zu machen und zurück schaue, dann erkenne ich, das ist also daraus geworden und darum geht es...“