Im Jahre des Herrn 1646 herrscht der Tod über die in Feindschaft zersplitterten Länder und Fürstentümer Europas. Wer nicht auf den Schlachtfeldern des Dreißigjährigen Krieges sein Leben lässt, den bringt die Pest ins Massengrab oder ins Feuer. Seit der junge Krabat seine Mutter an den Schwarzen Tod verloren hat, zieht er mit zwei anderen Heimatlosen bettelnd durch das Land: hungrig, verloren und scheinbar ohne Hoffnung.
Es ist die Zeit zwischen Neujahr und Dreikönig, als eine Schar Raben über die verschneiten, vom Vollmond beleuchteten Bergkuppen und Täler zieht. Die Vögel, dunkel wie die Nacht, sind die Gesandten des Meisters der Schwarzen Mühle, der einen neuen Schüler sucht und jetzt fündig wird. Im Traum hört Krabat erstmals die Stimme des Meisters, die ihn in den Koselbruch ruft. So folgt er ihr und den Raben, lässt Lobosch und seinen anderen Begleiter zurück, um über die Berge zu ziehen, bis sein Weg vor einem mächtigen Tor endet. Wie von Zauberhand öffnet es sich und gibt den Blick auf die düstere Mühle frei, die auch im leuchtenden Vollmond eine unheimliche Erscheinung ist.
Als Krabat ins Dunkel des Haupthauses tritt, angezogen vom fahlen Licht hinter einer Zimmertür, begrüßt ihn eine schwarzgekleidete Gestalt mit Augenklappe: „Da bist Du ja.“ Und fährt fort „Was soll ich dich lehren, das Müllern oder auch alles andere?“ „Auch alles andere“, hört Krabat die Stimme in sich - und so sagt er es auch dem Meister. Bis Ostern will der Müller Krabat auf die Probe stellen und weist ihm einen Schlafplatz neben den anderen elf Gesellen zu. Spät in der Nacht tauchen sie auf, die misstrauischen Gesichter mit Mehl bestäubt. Der ernste, freundliche Tonda stellt sich als Altgeselle vor, gefolgt von Juro, Merten, Lyschko und den anderen.
Am nächsten Morgen verschärft sich der Ton in der Mühle. „Wenn du deine Milchbubenfresse behalten willst, dann setz’ dich an einen anderen Tisch“, herrscht der grobe Andrusch den Neuen an. Auch bei der Arbeit kann es Krabat ihm nicht recht machen, kann den Wagen nicht ziehen, keinen der Säcke heben, obwohl es den anderen scheinbar mühelos gelingt. Noch verbirgt die Mühle ihre Geheimnisse, doch schon in der zweiten Nacht entdeckt Krabat ihr größtes. Obwohl es ihm verboten wurde, beobachtet er das unheimliche Schauspiel, das sich an jedem Neumond bietet. „Niemand soll es wagen ihn anzusehen“, befiehlt der Meister den Gesellen. So müssen sie sich mit dem Rücken zum Pferdewagen aufstellen, den eine vermummte Gestalt vor die Mühle gefahren hat. Entsetzt sieht Krabat, wie Säcke voller Knochen und Schädel hineingetragen und zwischen den Rädern zermahlen werden. „Vergiss, was Du hier gesehen hast“, hört Krabat plötzlich die Stimme Tondas, der sich davongestohlen hat, um ihn zu warnen. Mut, den Tonda mit einem Faustschlag und einer Mahnung des Meisters bezahlen muss. „Niemand entfernt sich, ohne dass ich es erlaube.“
Als es Monate später zu tauen beginnt, hat sich Krabat in der Gruppe der Gesellen eingelebt. Den bulligen Andrusch meidet er - wie auch Lyschko, der immer um ihn herumstreicht, als würde er das wache Auge des Meisters an jeden Ort tragen. Michal, der sensible Merten und der stotternde Juro aber, den die meisten für so dumm halten wie einen Getreidesack, sind Krabat ans Herz gewachsen. Doch sein Vertrauen schenkt er nur Tonda, der sein bester Freund geworden ist. Wie an jedem Ostersamstag schickt der Meister die Gesellen aus, mit einem anderen die Nacht an einem Ort zu verbringen, an dem ein Mensch gewaltsam zu Tode gekommen ist. So blickt Krabat an Tondas Seite auf die Lichter von Schwarzkollm hinunter, hört die Ostergesänge der Mädchen und die verführerische Stimme der Vorsängerin, der Kantorka, die den Weg in sein Herz findet.
Schon malt ihm Tonda den Drudenfuß, das Zeichen der geheimen Bruderschaft, auf die Stirn. Dann verlassen beide ihre Körper, mischen sich unter die Osterprozession, unsichtbar für die Dorfbewohner, die sie beobachten, aber nicht berühren dürfen. Ganz nah ist die Kantorka, und als sie zu stürzen droht, bricht Krabat das Tabu. Er stützt das Mädchen, das für einen magischen Moment in seine Welt dringt. Es ist Liebe auf den ersten Blick - Liebe, wie sie auch Tonda kennt, und wie sie der Meister fürchtet. „Du musst es tun“, ruft Tonda beim Abschied Worschula, seinem Mädchen, zu. Dann gehen die Freunde zur Mühle zurück, geeint im Schwur, dort niemals die Mädchen und ihre Namen zu erwähnen. Tondas Rat, die Mühle zu verlassen, bevor etwas passiert, schlägt Krabat in den Wind.
So nimmt das Unvermeidliche seinen Lauf. „Ich beuge mich unter das Joch der geheimen Bruderschaft“, schwört Krabat und schuftet sich die Hände blutig, bis ihm der Meister alle Wunden nimmt und neue Kräfte gibt. Jetzt, nach bestandener Probezeit, beginnt auch für Krabat der Unterricht in der Schwarzen Kunst. „Es darf nur einen Gedanken geben“, schwört der Meister die Schüler auf die dunkle Magie ein. Es folgt ein Sommer der Verführung und der Zufriedenheit. Der Meister, im Winter unerbittlich, gibt sich gut gelaunt, weist Krabat in die Kunst der Verwandlung und des Fliegens ein, lässt ihn und die anderen als Raben über die Täler schweben. Doch als einige seiner Schüler im Dorf mit Hilfe der Zauberei marodierende Soldaten vertreiben und Tonda in einem Moment der Unachtsamkeit besorgt nach Worschula ruft, zeigt der Herr der Mühle sein wahres Gesicht. Kurz darauf ist Tondas große Liebe tot, liegt bleich im Mühlbach. Und niemand will Lyschkos Beteuerungen glauben, dass er das Mädchen nicht verraten habe.
Der letzte Dezembertag kommt, und das alte Jahr wartet auf die Erneuerung wie auch der gebrechlich und grau gewordene Müller. „Es gibt jemanden, dem du vertrauen kannst, hör auf dein Herz, du wirst ihn finden“, verabschiedet sich Tonda von Krabat. Dann bläst er das Licht der Kerze aus und noch in der gleichen Nacht hallen seine Todesschreie durch die Mühle. Von der Treppe gestürzt, sagen die Gesellen und wissen es doch besser. „Wir kommen hier nicht mehr raus“, verrät Merten dem verstörten Krabat das Geheimnis der Mühle und der Unsterblichkeit des Meisters, für die einer der Gesellen Jahr für Jahr sein Leben lassen muss. „Er blendet uns mit seiner Magie“, hört Krabat weiter und erfährt es bald auch selbst. Sein Fluchtversuch scheitert kläglich. Vom düsteren Zauber des Meisters in die Irre geführt, bleibt Krabat am Koselbruch gefangen.
Im anbrechenden Jahr ist mit Lobosch ein neuer Lehrling gefunden. Wieder wird es Ostern, wieder schickt der Meister die Gesellen an einen unheiligen Ort. Doch diesmal bleiben die Ostergesänge in Schwarzkollm aus – mit schwarzer Magie hat der Meister das Dorf vernichtet, die wenigen Überlebenden sammeln sich angsterfüllt in den brennenden Ruinen. Das Mädchen jedoch, das Krabat liebt und den Meister damit besiegen kann, findet der Müller nicht. Fast verrät Krabat sich, als er die Kantorka in der Osternacht küsst. Doch dann ruft ihn einer zur Besinnung, der unerwartet an die Stelle Tondas tritt. Juro, der schlichte Stotterer, entpuppt sich als kluger Zauberer, rettet Krabat vor den Fragen des Meisters, als der Schüler ohne den Drudenfuß auf der Stirn zurückkehrt. Und Rat hat Juro auch parat: „Dein Mädchen muss dich am letzten Tag des Jahres freibitten, nur so kannst Du den Meister besiegen.“
Ein Ring, aus ihren Locken geflochten, soll das Zeichen für die Kantorka sein, zur Mühle zu gehen und sich dem Meister zu offenbaren. Doch als ein schreckliches Ereignis den Zorn des Müllers heraufbeschwört, lässt Krabat aus Angst um das Mädchen von seinem Vorhaben ab. Ein letztes Mal ruft ihn der Alte zu sich, bietet ihm ein Leben an, in dem Krabat allein über den Tod der anderen entscheiden kann. Als Krabat der Verführung widersteht und ablehnt, scheint sein Schicksal besiegelt. Noch ahnt der Meister nicht, wie stark die Kraft der Liebe, die Macht des guten Zaubers, wirklich sein kann...