Agent Mulder wird eines entsetzlichen Verbrechens beschuldigt: dem Mord an seinem eigenen Vater. Der Raucher jagt ihn jedoch aus einem anderen Grund. Verhängnisvolle Informationen sollen sich in den Händen von Mulder befinden. Mit allen Mitteln und auf die brutalste Weise verschaffen sich seine Verfolger ihre Hinweise. Aber selbst mit diesen Methoden geraten sie in eine Sackgasse.
Nicht einmal Dana Scully weiß, wo sich Fox Mulder befindet. Ein Komplott gegen die Wahrheit stürzt die Agentin aus ihrer FBI-Laufbahn. Die Suche nach Mulder wird für sie zu einem Kampf um die eigene Existenz. Nicht nur ihre Suspendierung macht Scully zu schaffen. Durch Zufall entdeckt sie in ihrem Nacken ein Implantat. Wie gelangte dieser winzige Gegenstand in ihren Körper? Leider weigert sich ihr Gedächtnis die Erinnerung daran preiszugeben.
Währendessen finden Navajo-Indianer den ausgelaugten Körper Mulders in der Wüste. Mit einem fast vergessenen Ritual versuchen sie ihn in die Welt der Lebenden zurückzuholen.